Villa Bido è situata nel comune di Anguillara Veneta, provincia di Padova, in un territorio pianeggiante.

Il comune è attraversato dal fiume Adige, che costituisce il confine meridionale del comune, dal canale Gorzone e da corsi d'acqua minori (vari scoli di bonifica).

Il clima è continentale, caratterizzato da estati calde e afose e inverni freddi ma non particolarmente rigidi, con frequente formazione di nebbie.

Le precipitazioni sono distribuite abbastanza uniformemente durante l'anno. D'estate sono possibili fenomeni piovosi di forte intensità, accompagnati da grandine.